Сведений об основании первого приходского храма в деревне Панкратовичи не сохранилось, но точно известно, что в XVIII веке он уже существовал.
Из унии в Православие церковь была присоединена в 1798 году. До 1830 года Михайловская церковь в деревне Панкратовичи являлась самостоятельным приходом, а с этого времени приобретает статус приписной к Троицкой церкви деревни Телуша.
Построен храм был капиталом прихожан из дерева, колокольня находилась в одной связи с ним. В 1884 году здание претерпело ремонтные работы. О судьбе храма после 1917 года сведений нет.
В 2011 году в деревне Панкратовичи был зарегистрирован новый приход, богослужения совершаются во временном молитвенном помещении.